Reflet de son rôle d’interface, la gouvernance d’Aprifel réunit scientifiques, société civile et professionnels des fruits & légumes. Elle se compose de trois instances aux rôles distincts et complémentaires. Le Conseil d’administration acte les grandes orientations de l’association.

Une fois validées, les actions d’Aprifel sont mises en œuvre par une équipe permanente dont le travail se fonde sur les travaux réalisés au sein du Conseil scientifique et du Conseil consommateurs. L’aval de ces trois parties est préalable à toutes les actions d’Aprifel.

Le Conseil d’administration veille à la gestion administrative et financière d’Aprifel. Il donne son avis sur les comptes, valide les budgets et les programmes d’actions annuels de l’association. Il se compose de personnalités représentatives des champs de compétences de l'association.

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Créé en 2000, le Conseil scientifique d’Aprifel rassemble l’ensemble des compétences scientifiques nécessaires pour éclairer les travaux de l’association : médecine, nutrition, toxicologie, biologie moléculaire, agronomie, microbiologie. Il regroupe 7 experts externes à la filière et de 1 expert interne à la filière (CTIFL – agronomie et expérimentation). Se réunissant quatre à cinq fois par an, le Conseil scientifique est consulté par Aprifel autant que de besoin au fil de son action.

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Dans une volonté d’écoute et de transparence, Aprifel a souhaité, dès 2009, s’ouvrir à la société en créant un Conseil consommateurs. Présidée par un scientifique expert des questions d’alimentation, cette structure est un lieu de dialogue entre représentants des consommateurs, professionnels des fruits et légumes et scientifiques. Par ce biais il s’agit de mieux comprendre les attentes et réalités de chacun, de répondre aux questions des associations et de s’assurer que les actions réalisées par Aprifel correspondent aux besoins identifiés. Réunissant onze associations nationales agréées, le conseil se réunit deux fois par an et est régulièrement consulté par Aprifel au fil de son action.

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