Avis d’expert : Joël Doré – microbiotes humain, du sol, et des plantes : quelle composition, quels rôles et quels liens ?
Directeur de recherche à l’INRAE, Joël est directeur scientifique de MetaGenoPolis, une unité de l’Institut Micalis
« MIcrobiologie de l’ALImentation au service de la Santé » et membre du conseil scientifique du Pôle Microbiologie de l’Ecole Doctorale « Innovations thérapeutiques » de l’Université Paris-XI. Joël a rejoint l’INRA en 1983 et a obtenu son doctorat de l’Université de l’Illinois à Urbana-Champaign, USA, en 1988. Il a pour objectif de contribuer à une meilleure compréhension de l’écosystème intestinal afin de soutenir les choix thérapeutiques dans le domaine médical, ainsi que les recommandations fondées sur la science dans le domaine de la nutrition santé. Joël Doré préside la plateforme web scientifique Gut Microbiota for Health.
La vie microbienne a débuté lors de la colonisation des biotopes terriens il y a 3,5 milliards d’années et les microbes ont occupé tous les biotopes qui sont apparus sur la planète (Mißbach, 2021). Mais tout n’est pas dans tout comme on pourrait se l’imaginer… Chaque écosystème impose des contraintes physiques et chimiques et des co-adaptations, synergiques ou compétitives entre microbes, façonnant les microbiotes au cours de l’évolution (Ghoul, 2016). Il y a en outre des échanges entre les microbiotes. Les microbiotes animaux peuvent influencer les microbiotes du sol et des végétaux ; les végétaux façonnent en partie le microbiote du sol et les microbiotes végétaux (le phytobiome) peuvent impacter l’animal ; enfin, ces microbiotes sont tous liés et interdépendants à travers les systèmes alimentaires, pour le meilleur et pour le pire (Rockström, 2020).
Le concept de One-Health « une santé » souligne l’existence et l’importance des inter-relations entre les composantes écosystémiques dans lesquelles nous évoluons : environnement (sol-plantes) – animal – humain (Banerjee, 2022). Dans la période récente (60-70 dernières années), l’activité humaine a imposé des modifications au système dans lequel nous évoluons à travers les pratiques agricoles, la technologie alimentaire et nos habitudes de vie et de nutrition (Malard, 2020). Ces modifications ont considérablement altéré les microbiotes associés au vivant, avec, en conséquence, une érosion de la diversité des microbiotes et une perte de richesse marquant la face discrète pour ne pas dire invisible de la 6ème extinction –elle bien visible- des arbres, insectes, poissons, mammifères… (Kolbert 2015; Blaser, 2018).
La vie microbienne a débuté lors de la colonisation des biotopes terriens il y a 3,5 milliards d’années et les microbes ont occupé tous les biotopes qui sont apparus sur la planète (Mißbach, 2021). Mais tout n’est pas dans tout comme on pourrait se l’imaginer… Chaque écosystème impose des contraintes physiques et chimiques et des co-adaptations, synergiques ou compétitives entre microbes, façonnant les microbiotes au cours de l’évolution (Ghoul, 2016). Il y a en outre des échanges entre les microbiotes. Les microbiotes animaux peuvent influencer les microbiotes du sol et des végétaux ; les végétaux façonnent en partie le microbiote du sol et les microbiotes végétaux (le phytobiome) peuvent impacter l’animal ; enfin, ces microbiotes sont tous liés et interdépendants à travers les systèmes alimentaires, pour le meilleur et pour le pire (Rockström, 2020).
Le concept de One-Health « une santé » souligne l’existence et l’importance des inter-relations entre les composantes écosystémiques dans lesquelles nous évoluons : environnement (sol-plantes) – animal – humain (Banerjee, 2022). Dans la période récente (60-70 dernières années), l’activité humaine a imposé des modifications au système dans lequel nous évoluons à travers les pratiques agricoles, la technologie alimentaire et nos habitudes de vie et de nutrition (Malard, 2020). Ces modifications ont considérablement altéré les microbiotes associés au vivant, avec, en conséquence, une érosion de la diversité des microbiotes et une perte de richesse marquant la face discrète pour ne pas dire invisible de la 6ème extinction –elle bien visible- des arbres, insectes, poissons, mammifères… (Kolbert 2015; Blaser, 2018).
Dans les sols, le microbiote contribue aux cycles géochimiques et à la valorisation de la matière organique (Maron, 2018) qui sont des composantes clé de la durabilité des écosystèmes primaires. Les champignons y sont également des organismes essentiels pour permettre les échanges entre les espèces végétales (Selosse, 2017).
Les microbiotes végétaux – phytobiome – sont, quant à eux, des acteurs majeurs de la robustesse du végétal face aux agresseurs, insectes et microbes (Triverdi, 2020).
Chez l’animal et l’homme, le ‘fitness’ du microbiote et sa richesse adaptative en font par ailleurs un compétiteur féroce, très peu permissif à la prolifération et l’implantation de microbes environnementaux, ce qui nous offre une protection optimale contre l’infection (Ghoul, 2016). Le microbiote exerce également un rôle de régulateur endocrino-métabolique, immunitaire et neuro-végétatif. La relation de symbiose hôte-microbes caractérise ce que l’on reconnait aujourd’hui comme des holobiontes (Van de Guchte, 2018). Nous avons cependant encore beaucoup à apprendre de cette relation à bénéfice mutuel dont la reconnaissance est encore récente et qui ouvrira un potentiel d’innovations considérable, que l’on s’intéresse au diagnostic de l’état de la symbiose, à la prédiction de son impact ou encore à sa préservation ou sa restauration à des fins préventives ou thérapeutiques.
Dans les sols, le microbiote contribue aux cycles géochimiques et à la valorisation de la matière organique (Maron, 2018) qui sont des composantes clé de la durabilité des écosystèmes primaires. Les champignons y sont également des organismes essentiels pour permettre les échanges entre les espèces végétales (Selosse, 2017).
Les microbiotes végétaux – phytobiome – sont, quant à eux, des acteurs majeurs de la robustesse du végétal face aux agresseurs, insectes et microbes (Triverdi, 2020).
Chez l’animal et l’homme, le ‘fitness’ du microbiote et sa richesse adaptative en font par ailleurs un compétiteur féroce, très peu permissif à la prolifération et l’implantation de microbes environnementaux, ce qui nous offre une protection optimale contre l’infection (Ghoul, 2016). Le microbiote exerce également un rôle de régulateur endocrino-métabolique, immunitaire et neuro-végétatif. La relation de symbiose hôte-microbes caractérise ce que l’on reconnait aujourd’hui comme des holobiontes (Van de Guchte, 2018). Nous avons cependant encore beaucoup à apprendre de cette relation à bénéfice mutuel dont la reconnaissance est encore récente et qui ouvrira un potentiel d’innovations considérable, que l’on s’intéresse au diagnostic de l’état de la symbiose, à la prédiction de son impact ou encore à sa préservation ou sa restauration à des fins préventives ou thérapeutiques.
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